別居中でもローンの支払いは原則継続となります。 夫の方が収入が高いということであれば、婚姻費用分担の申し立てをして離婚が成立するまで一定額を夫から支払ってもらうことが可能です。 その話し合いの中でローンについての取り扱いの合意もできればベストですが、そうでない場合でも離婚協議や調停などの期間、婚姻費用を受け取ることで生活を維持していく方針になるかと思います。

ローン契約は銀行との契約関係の問題になりますので、銀行との関係では、基本的にこの契約に従ってお支払いただく必要があります。 あとは当事者間でどのように支払金額を負担するかの調整になりますが、実務的には婚姻費用や養育費の金額の中で住宅ローンの支払額の中で調整されることになります。 離婚を検討されているのであれば、他にも諸々協議する事項があるかと思いますので、その点も踏まえ、ご負担ができるだけ少ない形で協議していく形になろうかと思います。

ご相談内容を拝見させていただきました。 住宅ローンですので引き落としだと思いますが、ご主人名義の口座からの引き落としでしょうか。 既に他の先生方がご回答されているとおり、最終的には婚姻費用（生活費）を請求していく中で、 金額の協議をしていくことになります。