20年というのは、正確には除斥期間といい、基本的には不法行為（名誉棄損の書き込み時）から起算することになりますので、削除するか否かは時効期間のカウントには直接影響しません。他方、削除しない限り権利侵害が日々継続し続けているという考え方もありえますが、すでに探せない状態になっている書き込みによって、どの程度名誉が毀損され、損害が発生しているのかを認定するのは困難にも思われます。 もっとも、現状としては、書き込みを削除できない以上、万が一、相手がこれを知り、損害賠償請求をされた場合には、その時に対応するほかないように思います。