公正証書に基づき強制執行をしたいが異議申し立てをして相手方からされた場合

相手方が強迫されて作った公正証書であるという主張をしているのであれば，ご指摘のように公正証書自体が強迫を理由に取消されて最初から無効なものとなります。そのため，この主張に基づいて相手方から請求異議訴訟を提起されると思います。請求異議訴訟は民事の裁判です。