ご質問ありがとうございます。
敷金は、ご存知のように、一般的には、賃貸借契約中に家賃の不払いが起こったときのための保険としての役割や、退出時の原状回復費用に使われ、余ったものがあれば、賃借人に返還されます。
具体的に、どのような用途に敷金が使われるかは、賃貸借契約書に書かれていますし、今回の退去でどのような使い方をされたかの明細は大家さんにはあると思います。ですので、この2つを見比べて、本当に全額敷金を使ったのかを確認されると良いかと思います。
ご不明な点があれば、また質問していただければ幸いです。